Như một quy luật, nhà Trần sau một thời gian hưng thịnh, đã đi vào suy thoái, quý tộc Hồ Quý Ly cướp ngôi lập ra nhà Hồ (1400 - 1407), ông xây dựng một đô thành mới ở Thanh Hoá, gọi là Tây Đô. Thăng Long đổi tên là Đông Đô, nhưng chỉ 6 năm sau Đông Đô chịu một tai hoạ: Năm 1406 nhà Minh phát 80 vạn quân sang xâm lược Đại Việt. Cuộc kháng chiến do nhà Hồ lãnh đạo bị thất bại. Đông Đô bị đổi tên là Đông Quan, trở thành sào huyệt của địch. Chúng phá hoại các di sản văn hoá. Chuông Quy Điền của chùa Một Cột, Tháp chùa Báo Thiên bị phá hoại để lấy đồng đúc súng đạn, sách vở bị thiêu, bia đá bị đập.
Năm 1418 cuộc khởi nghiã Lam Sơn bùng nổ. Sau khi giải phóng phía Nam, năm 1426 nghiã quân đánh ra Đông Quan. Sau khoảng 400 ngày đêm (22/11/1426 đến 3/1/1428) chiến dịch giải phóng Đông Quan đã thắng lợi, nhiều địa danh đi vào lịch sử: bản doanh vua Lê ở Đông Phù Liệt, Bồ Đề, những trận đánh ở cầu Nhân Mục, Mễ Trì và hội thề ở phía Nam thành Đông Quan, nơi quân Minh cam kết rút quân về nước. Ngày 3/1/1428 toán quân Minh cuối cùng rời khỏi Đông Quan.